Enjeux du projet
Le projet SQUAD_eDNA, financé par VNF et l'ENGEES au sein du LIVE, cherche à développer une méthode de détection précoce du Myriophyllum heterophyllum basée sur l'ADN environnemental (ADNe) quantifié par ddPCR et déployable à l'échelle du réseau régional. La méthodologie comprend trois volets : (i) la conception et validation d'un assay ddPCR spécifique via tests in silico, in vitro et environnementaux ; (ii) le suivi phénologique annuel sur les voies navigables de Strasbourg pour caractériser la dynamique saisonnière de l'ADNe de cette espèce et la distance de détection en relation avec les paramètres environnementaux ; (iii) le déploiement régional de l'assay avec cartographie spatiale de l'espèce basé sur l'ADNe.
Résultats attendus
Les principaux défis vont être de valider les assay et les outils d'ADNe pour détecter l'espèce dans les milieux anthropisés, de comparer la biomasse estimée sur le terrain avec les concentrations d'ADNe mesurées par ddPCR, et de cartographier l'espèce via l'ADNe pour quantifier sa détection et établir des niveaux d'alerte d'invasion. L'intention est d'appliquer ces méthodes à d'autres cas, notamment à des espèces à enjeux de conservation.
Thèse en cours : Thomas Reinhart
https://www.linkedin.com/in/thomas-reinhart-4b7a31227/
- Reinhart T, Espinosa Prieto A, Hardion L (2025) How do eDNA monitoring methods compare to traditional bryophyte surveys in rivers? AquaEcOmics Meeting, Evian-les-bains (FRANCE), 17-21 March 2025 https://doi.org/10.57745/VBSHUO, Best student presentation award
- Reinhart T, Guillon L, Begoc T, Chapotin P, Reduron J-P, Espinosa Prieto A, Hardion L (2024) An integrative taxonomic revision of the Chaerophyllum hirsutum complex (Apiaceae) using morphological and molecular markers. Plant Ecology and Evolution 157: 399–406. https://doi.org/10.5091/plecevo.124907
- Reinhart T, Espinosa Prieto A, Begoc T, Tinguy H, Bick F, Chanez E, Beisel J-N, Hardion L (2025) A comparative analysis of hybridisation capture and PCR-based eDNA metabarcoding for monitoring bryophytes in riparian ecosystems. Metabarcoding and Metagenomics 9: e154548. https://doi.org/10.3897/mbmg.9.154548
Participants : Etienne Chanez, Armando Espinosa Prieto, Laurent Hardion, Jean-Nicolas Beisel