ADN environnemental - Focus sur les plantes aquatiques
Le projet AquADN a pour but le développement d’une méthode innovante d’inventaire des plantes aquatiques et des zones humides basée sur l’étude de leur ADN environnemental (ADNe) capturé dans l’eau. Les plantes aquatiques sont de véritables clés de voute des hydrosystèmes, comme habitats, ressources et régulatrices de ces écosystèmes. Les plantes aquatiques sont d'ailleurs utilisées comme bio-indicateurs pour évaluer le bon état écologique des hydrosytèmes suivant la directive cadre sur l’eau. Pourtant, la détection et l’identification de ces espèces sont souvent difficiles, notamment de part les contraintes des milieux aquatiques (e.g. profondeur, courant, crues et assecs). Pour ces raisons, la détection et l’inventaire de ces espèces doivent être améliorées et standardisées, ce que nous voulons réaliser à l’aide de méthodes basées sur l’ADNe. Cet ADNe correspond à l’ensemble des fragments d’ADN libérés lors de la dégradation des organismes. Par filtration de l’eau, amplification par PCR puis séquençage, nous pouvons identifier les espèces dont cet ADNe est issu. Les objectifs de ce projet sont (i) d'évaluer la fiabilité d’une méthode ADNe pour la description des communautés végétales de ces milieux ; (ii) d’élaborer une base de données de barcodes de référence renseignant plus de 1 000 espèces végétales, les plus communes, mais aussi celles menacées ou bien potentiellement invasives de ces milieux ; (iii) de tester différents méthodes et paramètres en biologie moléculaire pour améliorer cette méthode, et différentes applications en conservation de la Biodiversité, en diagnostic écologique et en bio-indication. Nos terrains d’expérimentation à ce jour sont les petites rivières de tête de bassin des Vosges du Nord, ainsi que le Rhin Supérieur au niveau de Fessenheim.
INFORMATIONS
https://ohm-fessenheim.fr/recherche/theses/armando-espinosa-prieto/
Financement : OHM Fessenheim, Agence de l’Eau Rhin-Meuse, IdEx Université de Strasbourg
CONTACTS
Pr. Jean-Nicolas Beisel, PR ENGEES, hydroécologue - jean-nicolas.beisel[at]engees.unistra.fr
Laurent Hardion, MCF UNISTRA, Faculté. des Sciences de la Vie, hydroécologue- laurent.hardion[at]live-cnrs.unistra.fr
Armando Espinosa prieto, Post-doctorant Projet Greta et AquADN